В августе 1939 года на заседании Баргузинского исполкома районного Совета народных депутатов было принято решение об открытии в селе Могойто начальной школы.

Население села с большой радостью встретило это решение. По наличию детей школьного возраста было открыто два первых класса, третий и четвертый. Всего обучалось более 40 детей. Школа была интернациональной. В ней учились дети русских, бурят и цыган.

Для работы в новой школе по приказу Баргузинского районного отдела народного образования приехало трое учителей – это супруги Борисовы Евлампий Ильич и Зинаида Емельяновна, прибывшие в район по направлению наркомпросса БМ АССР и Гармаев Жамбал Башеевич, направленный с аппарата районного отдела образования, с должности инспектора по школам взрослых.

Борисов Е. И. был назначен заведующим начальной школы. В мае 1941 года школа сделала свой первый выпуск. Все школьники и учителя были сфотографированы на память об этом событии. Но уже через месяц страну сотрясла война. Никто не остался безучастным в эту горькую пору. Все взрослое население села было призвано на фронт. В числе первых ушел на фронт и Борисов Е. И. На посту заведующего его заменил Гармаев Ж. Б., который немного позже тоже был призван на фронт. Евлампий Ильич погиб на полях сражения.

Школа долгое время находила приют в самых разных помещениях. И только в 1966 году было построено новое здание с водяным отоплением. В 1969 году силами базового предприятия Могойтинской МТС и методом народной стройки к зданию школы был сделан пристрой. 1 сентября 1969 года школа была реорганизована в восьмилетнюю.

Первым директором восьмилетней школы была назначена Скосырская Софья Григорьевна. В 1972 году первые 22 выпускника получили свидетельства о восьмилетнем образовании. В 1973 году директором школы был назначен Анищенко Владимир Степанович.

Школа росла. В 1978 году завершилось строительство еще одного пристроя на шесть классных комнат и спортивного зала, была построена котельная.

В 1987 году базовое предприятие сделало ребятам хороший подарок – построило столовую на 40 посадочных мест, а в следующем 1988 году – пристрой для шестилеток. Затем было строительство еще одного пристроя на два учебных кабинета, расширение столовой и соединение ее с основным зданием теплым переходом. За время работы школы, как восьмилетней было сделано 18 выпусков, 289 учащихся покинули родную школу и получили путевку в жизнь.

Знаменательным для всех жителей села стал год 1989-й, 3 мая Совет Министров Бурятской АССР принял постановление о реорганизации с 1 сентября 1989 года Могойтинской неполной средней школы в среднюю. Это событие совпало с 50-летним юбилеем школы. В 1991 году первые девять выпускников средней школы получили аттестаты о среднем образовании.

В 1997 году на должность директора была назначена Молчанова Зинаида Андреевна, в 2004 года  - Дашиева Елизавета Раднаевна, с июня 2009 года – Ринчинов Александр Баторович.

За время работы средней общеобразовательной школы с 1989 года по 2009 год выпущено 240 учеников. Из них  окончили курс обучения с золотой медалью Доржиева Елена С. (2000 год), Кальсина Е. Г. (2004 год); с серебряной медалью Доржиева Елена Г. (1994 год), Доржиев А. С. (1995 год), Доржиева Людмила Г. (1998 год), Кузнецова Надежда Н. (2001), Зарубина Евгения Г. (2002), Хлызова Оксана В. (2004), Галсанова Светлана Л. (2005), Белоусова Анастасия Ф. (2006), Подрезова Валентина С. (2008), Козулин Александр (2009)

В настоящее время школа живет интересной жизнью. Проводятся мероприятия развлекательного познавательного характера, направленные на развитие всесторонне развитой личности.  Ученики школы принимают активное участие в районных и республиканских мероприятиях.

2 апреля 2010 года Указом президента Республики Бурятия школе было присвоено имя Анищенко Владимира Степановича, Заслуженного учителя РБ, Отличника народного просвещения РСФСР.