Со слов старожилов в названии села Зарубино существует несколько версий. Одна из них такова. Название села произошло из-за ссыльного с Запада, которому понравились здешние места. Здесь когда-то были густые сосновые леса, катила свои воды величавая Селенга. В лесу было много зверей и дичи. Вся местность была заросшая диким степным ирисом (чикалдак). На дереве он сделал зарубу. Решив так поселиться здесь. Женился на кочевой девушке-бурятке. Родились сыновья – Иннокентий, Семён, Андрей. Так начался род Зарубиных.

Много пришлого народа скиталось по матушке Руси в поисках хороших земель. Сюда забрели два бывалых мужика Волков и Лазарев. Поэтому сейчас на селе три коренные фамилии – Зарубины, Волковы, Лазаревы. Так образовалась деревня. Командовал в деревне тот, кто был богатым. Жители рубили лес, пахали целинные земли, обрабатывали её на конях. Сеяли хлеб, молотили, жали его.

Местные мужики были ещё и ямщиками. Которые ходили в обозах до Верхнеудинска. Они возили купцам продукты, а они давали на обмен ткани, керосин, соль. В местности Дюрбень находилось «конь-депо», там происходила смена лошадей. Работали в депо одни служивые солдаты.

Первоначально деревня находилась дальше станции Хужир. При частых наводнениях на реке Селенге село вынуждено было заново застроиться на другом месте. В настоящее время – это третье место переселения села.