Усть-Кяхта в прошлом — ремесленная слобода бывшего Троицкосавска.  Село основано в 1740 году беглыми людьми.

15 декабря 1743 года был издан указ сената о выселении из Троицкосавска на постоянное местожительство лиц, не имеющих капитала. Сначала стали селить в окрестности Усть-Кяхты. Так, в Липовском жил Липка, в Киприяновке— Киприян. Они стремились к тому, чтобы накопить капитал и снова вернуться в Троицкосавск.

В 1775 годув Усть-Кяхте было 70 дворов и 500 душ.

В 1775 году основана Усть-Кяхтинская Богородице-Тихвинская церковь.

Усть-кяхтинцы занималисмь хлебопашеством и сенокошением. В Усть-Кяхте было развито огородничество. Огород поливали из речки Савва. В 1800 году речка Савва после сильного дождя разлилась и затопила все огороды. Тогда жители стали селиться на высокие места. Село разделилось на три части— на Заречную, Сухорука и Горную.

С развитием торговли в Кяхте в Усть-Кяхте стали появляться торговые дельцы, которые начали создавать различные ремесленные производства и ввели некоторые улучшения в сельском хозяйстве. Купец Николай Игумнов открыл конный завод с лошадьми орловской породы, разводил холмогорских коров, мериносовых овец и пчел. Построил ирригационные сооружения на сенокосных угодьях. Сено продавали ямщикам, возившим чай из Кяхты в Иркутскна весьма выгодных условиях. В 1820 году купец заложил сад в селе.

26 июня 1812 годабыла произведена закладка каменной церкви, которая строилась в течение 15 лет за счет средств местных жителей. Кирпич делали здесь же.

Вслед за Игумновым появляется некий Орлов, который открывает торговлю предметами первой необходимости (чаем, сахаром и другими мелкими товарами). Дорогостоящих мануфактур, как ситец, здесь не покупали. Местные жители в основном носили одежду из дешевой китайской материи (даба, далимба).

В 1818 году Орлов открыл небольшой кожевенный завод, который вырабатывал в год до тысячи кож. Потребителями кож была кяхтинская торговля. В 1835 году в Усть-Кяхте открылся сахарный завод. Свекловица для завода рассаживалась в Усть-Кяхте и Бичуре. Выращивали неплохую свеклу, но сахар не могли получать, так как не было хорошо знающих сахарное производство мастеров. Затем завод переключился на выработку мыла и свечей.

С 1837 года число мелких промышленных предприятий увеличивается. Так, кожевенных заводов стало 10, мыловаренных— 3, свечных— 2. Мыло и свечи распространялись по всему Забайкалью до 1875 года.

В 1840 году население Усть-Кяхты заметно увеличилось. Насчитывалось тогда 120 дворов, до 700 жителей. Преобладало население мещанского и крестьянского сословий.

С осени каждого года в Усть-Кяхту начинали прибывать томские, иркутские и кабанские ямщики, которые находились в селе почти до рождества в ожидании замерзания Байкала и установления санного пути.

В 1870 году был проложен новый путь с Байкала в слободу Усть-Кяхта и до Кяхты через Удунгу с остановкой в соседнем селе Зарубино.

В 1864 в село был проведен телеграф из Троицкосавска.

В 1888 году впервые в Усть-Кяхте появился медицинский пункт в лице одной акушерки.

В 1902 году в селе была открыта церковно-приходская библиотека. Книгами читатели пользовались бесплатно. В фондах библиотеки имелись произведения классиков русской литературы. Особенно хорошо была представлена литература по географии и этнографии Центральной Азии.

22 июля 1926 годаначалось регулярное воздушное сообщение по линии "Верхнеудинск-Урга". Линия стала первой международной авиалинией СССР. Самолёты совершали промежуточную посадку в Усть-Кяхте.