Со слов старожилов в названии села Зарубино существует несколько версий. Одна из них такова. Название села произошло из-за ссыльного с Запада, которому понравились здешние места. Здесь когда-то были густые сосновые леса, катила свои воды величавая Селенга. В лесу было много зверей и дичи. Вся местность была заросшая диким степным ирисом (чикалдак). На дереве он сделал зарубу. Решив так поселиться здесь. Женился на кочевой девушке-бурятке. Родились сыновья – Иннокентий, Семён, Андрей. Так начался род Зарубиных.

 
Много пришлого народа скиталось по матушке Руси в поисках хороших земель. Сюда забрели два бывалых мужика Волков и Лазарев. Поэтому сейчас на селе три коренные фамилии – Зарубины, Волковы, Лазаревы. Так образовалась деревня. Командовал в деревне тот, кто был богатым.
 
Жители рубили лес, пахали целинные земли, обрабатывали её на конях. Сеяли хлеб, молотили, жали его.В те временаместность возле села была поросшая лесом. Из этого леса построены дома в деревне.
 
В 1920 годах местные мужики были ещё и ямщиками, которые ходили в обозах с Улан-Батора до Иркутска, кони были свои. Они возили купцам чай, сахар и товары. Первоначально деревня находилась дальше станции Хужир. При частых наводненияхр. Селенги село вынуждено было заново застроиться на другом месте. В 1937 году стали строить железную дорогу, и вследствие этого деревня вновь перешла на новое место. В настоящее время – это третье место расположения села. Также весной 39-го года деревенское кладбище, которое находилось на месте водокачки на станции, перевезли на новое место (это нынешнее место).
 
Железную дорогу строили заключённые, в селе их называли «бамлаками», многие из которых были жертвами «Сталинского режима». Жили они в холодных, глиняных бараках. Ходили босиком, почти полураздетые. Большинство из них погибли, не выдержав непосильного труда, голода, болезней. Таскали на себе неимоверной тяжести камни, выкорчёвывали деревья, надрывая своё здоровье. Умерших людей увозили на тачке, хоронили возле ближайшей скалы. Сейчас возле этого места расположено современное кладбище. Заключённые жили в мазанных бараках – колониях, которые находились возле МТФ. На стенах барака были рисунки из сказок, очень красивые как живые: природа, растения, река. Эти мазанки простояли очень долго.
 
В 1939 году была открыта станция Хужир. А возле железнодорожного моста через реку Селенгу на берегу выложена большими камнямидата окончания строительства этого моста (1939). Полностью строительство закончилось перед самой войной, в 1941 году.
 
В старину зарубинских жителей записывали в Селенгинскую степную думу, Селенгинского округа осёдлыми инородцами Зарубинского селения. (Ф.№2, опись №2 дело №2362).
 
До 14 декабря 1923 года село относилось к Кяхтинскому районному аймаку, в последствии к Селенгинскому хошуну Самон Джидинский, село Зарубинское. Расстояние до Аймачного центра – 30 вёрст, всего пахотной земли – 240, рабочих – 67, нерабочих – 60, всего – 127, скот – 90, овец – 84.
 
 (19 февраля 1923 г. Архивные данные)
 
Перерегистрация церковной общины в 1924 году из Зарубинских входили;
 
Зарубина Наталья Николаевна – 60 лет, член приходского совета, народка, домохозяйка.
 
Зарубина Дарья Петровна – народка
 
Зарубина Агриппина Дмитриевна
 
Зарубин Роман Иванович
 
Лазарева Ирина Петровна – домохозяйка, народка
 
Зарубин Дмитрий Ефимович – домохозяин
 
Зарубин Василий Александрович – землерабочий
 
Лазарева Мария Лаврентьевна – рабочая
 
Зарубин Алексей Александрович – землерабочий, народец, имеет дом
 
4 января 1924 года было постановлено – из Джидинского хошуна сделать волость. Этот хошун был очень бедным, так как были постоянные неурожаи. 24 апреля 1924 года селение Зарубинское переименовали в село Зарубино.
 
На 13 декабря 1924 года население села Зарубино составляло 299 человек. Мужчин – 160, женщин – 139. В Джидинском Сомоне по численности населения село стояло на предпоследнем месте.
 
Все жители села Зарубино до 13 января 1932 года крестились в Тихвинском Храме села Усть-Кяхта, священником там был Иоанн Савин. Весной 1932 года Тихвинском Храм был закрыт. Весной этого же года храм был перевезён в село, его перекатывали по реке Селенге. В этом здании разместился клуб. Работала в нём Лазарева Галина.
 
 В деревне был церковный староста – Зарубин Василий Петрович. Он был середняком – 64 года. Священник – Иоанн Савин, живший в селе Усть-Кяхта. В 1931 году
 
(8 июля 1924 г. Архивные данные)
 
Имелся Зарубинский народный затон (пристань) от села Зарубино 5 вёрст. По реке Селенге ходили баржи, моторные лодки. Они возили грузы Российской промышленности в Монголию. А по дороге через Кяхту и далее по реке Селенге товары перегружались на Байкальские пароходы и шли до Иркутска
 
(История Бурятии, выпуск № 3 1991г.)
 
Такса на переправу через реку Селенгу была:
 1.4-х колёсный экипаж с одной лошадью в один конец – 30 копеек.
 2.Экипаж с двумя лошадьми – 40 копеек.
 3.Экипаж с тремя лошадьми – 50 копеек.
 4.Пеший человек – 2 копейки.
 5.Сельхозмашина – 20 копеек.
 6.Верховая лошадь – 10 копеек.
 7.Одна голова КРС – 10 копеек.
 8.Одна голова мелкого скота – 5 копеек.
 
(от 8 июля 1024 года. Архивные данные)
 
 
 
ПО - СЕМЕЙНЫЙ СПИСОК ЗА 1881 ГОД
 
 
 1.Зарубин Яков Александрович – 29 лет
 
сын его – Иннокентий – 6 лет
 
жена – Ульяна Ивановна – 30 лет
 
дочери его: Евдокия – 4 года
 
Параскева – 3 года
 
Варвара – 4 месяца
 
Хозяйство – домов 2, корова 1, лошадей 2.
 1.Зарубин Алексей Александрович – 25 лет,
 
братья его: Василий – 17 лет
 
Алексей – 13 лет
 
Семён – 10 лет
 
Вдова Марья Ивановна – 47 лет
 
Домов 1, лошадей 2.
 1.Волков Матвей Иванович – 51 год,
 
Женаего – Арина Михайловна 54 года
 
Дом 1.
 1.Лазарев Алексей Амельянович – 39 лет
 
Сыновья его: Николай – 9 лет
 
 Христофор – 6 лет
 
Афанасий – 2 года
 
Жена его Агриппина Савельевна – 30 лет
 
Дом 1, лошадей 1.
 1.Зарубин Ефим Андриянович – 64 года,
 
сыновья его: Степан – 28 лет, жена – Зиновья 29 лет
 
 Дмитрий – 25 лет
 
 Александр – 19 лет
 
 Дий – 16 лет
 
Жена его – Настасья Прокопьевна 54 года
 
Домов 2, лошадей 3.
 1.Волков Михаил Васильевич – 31 год
 
Сын его Пётр – 4 года
 
Жена его Парасковья Егорова – 25 лет
 
Дочь его Таисья – 6 месяцев
 
Дом 1, запахано 2, приготовлено 2, налог 2, лошадей 5, коров 3.
 1.Зарубин Данила Васильев – 35 лет
 
Сыновья его: Иван – 7 лет
 
Михайло – 6 месяцев
 
Жена его Пелагея Иванова – 28 лет
 
Ничего нет.
 1.Зарубин Пётр Дмитриевич – 52 года
 
Сыновья его: Иван – 25 лет
 
Василий – 14 лет
 
Дмитрий – 10 лет
 
Брат его Максим Дмитриевич – 44 года
 
Жена его Пелагея Петрова
 
Дочери его: Настасья – 22 года
 
Наталья – 18 лет
 
Арина – 6 лет
 
Сестра его Матрёна Дмитриевна – 63 года
 
Домов 3, запахано 3, приготовлено 3, лошадей 15, коров 10, бараны – 10
 1.Зарубин Николай Васильев – 27 лет
 
Братья его: Федот – 25 лет
 
Василий – 24 года
 
Жена его Василиса Николаевна – 24 года
 
Сестра его – Акулина 20 лет
 
Домов – 1, земли – 1, приготовлено – 1, лошадей – 1, коров – 2.
 1.Лазарев Прокопий Михайлович – 56 лет
 
Зять его – Старков Дмитрий Леонтьевич – 34 года
 
Сын его Дмитрий – 2 года
 
Жена его Парасковья Прокопьевна – 30 лет
 
Дочь его – Евдокия 7 лет
 
Дом – 1, земли 2/2, приготовлено – 2/2, лошадей – 6, коров – 10, яман – 9.
 1.Лазарев Степан Иванович – 58 лет
 
Сыновья его: Илья – 23 года
 
 Прокопий – 19 лет
 
Жена его Анна Васильева – 60 лет
 
Дочери его: Домна – 26 лет
 
Анисья – 25 лет
 
Дом – 1, ничего нет
 1.Лазарев Тимофей Николаевич – 30 лет
 
Братья его: Иван – 28 лет
 
Игнатий – 22 года
 
Мать его Арина Максимова – 52 года
 
Дочери его: Анна – 29 лет
 
Александра – 24 года
 
13. Зарубин Иван Иннокентьевич – 25 лет
 
Жена его Елезавета – 25 лет
 
Тётка Татьяна Иванова – 73 года
 
Домов -2, земли ½, лошадей – 3, коров – 3.
 
14Лазарев Кирилл Константинович – 34 года
 
Ничего нет и никого
 
15. Зарубин Фелемон Арефьевич – 26 лет
 
Сестра его Параскева Арефьева – 24 года
 
Ничего нет
 
16. Лазарев Иван Андреевич – 24 года
 
Брат – Иннокентий 19 лет
 
Жена его Пелагея Николаевна – 24 года
 
Дочь Аграфена – 2 года
 
Дом – 1. больше ничего нет
 
17. Зарубин Захар Иванович – 54 года
 
Сын его Иконорь – незаконный от мещанской дочери Марии Ледогочевой – 14 лет
 
Жена его Марфа Петрова – 52 года
 
18. Зарубин Яков Андриянов – 46 лет
 
Жена его – Марфа Иванова – 39 лет
 
Мать его Аграфена Иванова – 68 лет
 
Дочь его Фёкла – 16 лет
 
Дом – 1. больше ничего нет
 Итого; мужиков – 79
 Женского – 70
 Домов – 36, засеяно – 33/2, приготовлено – 34/4, лошадей – 81, коров – 61, бараны – 55, яман – 44.
Старшина – А.Зарубин
Дело № 2362
 
 
 
ДЕЛО ПО ИМЕННЫМ СПИСКАМО ЧИСЛЕ ДВОРОВ И МУЖСКОГО ПОЛА ЗАРУБИНСКОГО СЕЛЕНИЯ
 
ЗА 1902 ГОД 26 НОЯБРЯ
 
 
 
Дворов – 36, мужиков – 104 души.
 
 
 
ИМЕННОЙ СПИСОК ОСЁДЛЫХ ИНОРОДЦЕВ ЗАРУБИНСКОГО СЕЛЕНИЯ
 
 
 
ИмяФамилийЧисло дворовМуж. пол.
 
 
 
1. Степан Онисимов Зарубин11
 
2. Василий Петров Зарубин 13
 
3. Никита Тимофеев Зарубин13
 
4. Пётр Михайлов Волков24
 
5. Иван Васильев Волков12
 
6. Иван Петров Зарубин13
 
7. Еким Петров Зарубин13
 
8. Иван Иннокентий Зарубин14
 
9. Семён Иннокентий Зарубин12
 
10. Дмитрий Дмитрив Старков13
 
11. Дмитрий Тимофеев Лазарев12
 
12. Михаил Иванов Лазарев 11
 
13. ЯковЪ Ипатьев Лазарев11
 
14. Алексей Александр Зарубин12
 
15. Иван Ипатьев Зарубин13
 
16. ЯковЪ Ипатьев Зарубин 12
 
17. Федот Васильев Зарубин12
 
18. Лаврентий Константинов Лазарев13
 
19. Степан Ефимов Зарубин 14
 
20. Василий Онисимов Зарубин15
 
21. Александр Ефимов Зарубин12
 
22. Дмитрий Ефимов Зарубин11
 
23. Алексей Васильев Волков25
 
24. Фёдор Онисимов Зарубин11
 
25. Яков Александров Зарубин14
 
26. Алексей Амельянов Лазарев14
 
27. Дмитрий Ефимов Зарубин13
 
28. Иван Инокентьев Зарубин11
 
29. Николай Васильев Зарубин15
 
30. Алексей Александров Зарубин12
 
31. Василий Александров Зарубин12
 
32. Семён Александров Зарубин12
 
33. Кузьма Назаров Чебыкин14
 
34. Василий Васильев Зарубин15
 
35. Иван Данилов Зарубин-3
 
36. Николай Петров Лазарев -1
 
37. Иппатий Николаев Лазарев-1
 
38. Иван Яковлев Лазарев-2
 
Зарубинского селения староста – А.Зарубин
(Ф.2, опись 2, дело 2362)