Небольшие группы монголов появились в средней части долины реки Джида в самом конце 17 века, во время войны между халхаским Сайн ханом и джунгарским ханом Галдан-Бошогто.

Несколько семей из рода хойхо (hойhо) поселились в Бургалтае и Зун-Хурае, которых позже стали называть первый хойхо (нэгэ дугаар hойhо). Спустя некоторое время несколько групп семей, названных второй хойхо (хоер дугаар hойhо) расселились в средней части долины ручья Бургалтай, в Тужине и в низовьях  Цэже и Булагтая. Первые успели занять лучшие участки земли. Кстати, хойхо были монголизированными уйгурами.

Границы между Россией и Китаем в то время не было. Вследствие чего для проведения в обе стороны от Кяхты пограничной линии и для поставления пограничных маяков, были посланы от Уполномоченных особые чиновники, а именно от Графа Саввы Владиславовича Рагузинского был послан в восточную сторону от вершины Аргуни Секретарь Посольства Иван Глазунов,  в  западную Коммисар Степан Колычев; от Китайских Уполномоченных были посланы – в восточную сторону чиновник Хубиту, а в западную Бесиге.

Коммисар Посольства Степан Колычев с Китайским Коммисаром Бесигою провели границу от Кяхты на запад до Контайшинских владений или Шабина-Даба ( В Красноярском и Кузнецком дистриктах), поставили, начиная с Кяхтинской нагорной насыпи, всего 24 маяка, состоящие из парных каменных насыпей, из которых последний поставлен на хребте Шабина - Дага. Здесь Коммисары, заключив письменный  акт разменялись  18 октября 1727 года. На территории нынешней Михайловки был установлен10 маяк. Этот маяк был поручен ясашным Цынгинова роду Шуленги Битуду, Заентаева роду Шубшунгину Култуцкого  зимовья,  при них улусных людей 5 человек

После установления границы между Россией и Китаем в 1728 году был образован Цэжэйский караул. Для несения пограничной службы из Кяхты переселили несколько семей русских казаков, которые обосновали поселение на левом берегу реки Джида, напротив устья речки Цежей. Это были семьи Злыгостевых, Максимовых и Яньковых. Первым атаманом Цэжейского караула был Михайлов. Согласно первой версии именно по его фамилии был в дальнейшем переименован Цэжейский караул в село Михайловка.

После третьего раздела Польши в 1675 году произошло несколько восстаний поляков, украинцев и белорусов против царского самодержавия на присоединенных к России землях. После подавления восстаний часть участников сослали в Сибирь. Так появились в Цэжэйском карауле Островские и Поповы, которые позже перешли в казачье сословие.

Здесь же поселили   после каторги людей, которым было запрещено возвращаться в европейскую Россию. Это  родоначальники Корнаковых, Мардоленовых и Анулеевых. Они женились  на местных казачках, и перешли в казачье сословие.

В 1756 году было образовано Забайкальское казачье войско, вследствие чего увеличилось  численность казачьего населения. В конце 18 века для несения пограничной службы были отправлены две семьи из Гэгэтуя. Сначала они жили на лугу, где стояла Центральная ферма. Спустя некоторое время  отправлены из Ичетуя казаки Мудаевы, Норбоевы и Сономовы. Они поселились в Цэже. Когда в верховьях Джиды буряты стали переходить в казачество, то для их обучения отправляли цэжинских бурят-казаков.

Казаки-буряты были освобождены от налогов, и поэтому часть местных бурят  пожелала перейти в казачье сословие. Так появились казачьи семьи Тулоновых, Хубарковых и Эрхеевых (из Улекчина), Ганжуровых, Гармаевых, Дахалаевых и Будаевых (из Хуртуги), Семеновых (из Жалги), Бандеевых, Мункуевых, Самсуевых и Самбиловых (местные). Правда, ни один бурят из Бургалтая не пожелал стать казаком.
Во второй половине 19 века в Цэжэйском карауле поселились русские, которые не вступили в казачество (Зарубины, Тальцевы и другие).

В первой половине 19 века  несколько бурят были крещены, поселились в карауле и перешли в казачье сословие, женившись на русских женщинах. Видимо, их заставило так поступать малоземелье и трудное материальное положение (ведь крещеным бурятам давали 25 рублей; по тем временам это были немалые деньги).

В начале 19 века, в Закамне,  появились два брата Морхо и Одон, выходцы из Тунки, из рода хонгоодоров. Они взяли в жены местных девушек. Им отвели землю в местности Баянгол (Амалат).
В начале 19 века переселились в Цэже Бакшеев из Цаган-Морина и Ардаев из Утатуя и перешли в казачество. Чуть позже появились и поселились в Цэже буряты из Цаган-Морина, но не вступили в казачье сословие (Будаевы, Доржиевы, Жундуевы, Лубсановы, Цыреновы и другие).

21 ноября 1892 году  в день святого Михаила в селе была освящена церковь. По второй версии именно этот факт так же послужил именованию нашего села.