Уроженец села Зарубино Джидинского района, имел начальное образование – 4 класса, выходец из крестьян. Трудовую деятельность начал с 15 лет разнорабочим колхоза имени Ульянова. В 1939 году переехал в село Дырестуй, стал механизатором. С начала Великой Отечественной войны неоднократно просился на фронт, т.к. у него была бронь как передового механизатора. В 1943 году добился своего, попал в пекло войны под город Смоленск. Воевал в танковых войсках, участник Сталинградской битвы.

Войну закончил под Кенигсбергом, о чем свидетельствует медаль «За взятие Кенигсберга». После войны работал токарем Цаган-Усунской МТС села Дырестуй. С 1954 года – бригадир тракторной бригады по поднятию целинных земель. За успешное освоение целины был награжден медалью «За освоение целинных земель». Был передовым механизатором совхоза «Октябрьский», постоянно выполнявшим план пахоты и посева зерновых. За ударный труд в 1958 году был премирован большой серебряной медалью ВДНХ СССР и мотоциклом «КА-125».

В связи с 300-летием вхождения Бурятии в состав России Зарубин С.А. как ударник коммунистического труда был награжден орденом «Знак Почета». Он первый дырестуец, награжденный орденом за трудовые успехи.

Вместе с супругой Лидией Даниловной – матерью-героиней вырастили и воспитали 10 детей. Земляки помнят трудолюбивого и открытого по характеру Степана Афанасьевича Зарубина.