В  соответствии  с  Указом  Президиума  Верховного  Совета  Республики  Бурятия   от  26.10.1993 года № 1540-ХII  и  Законом  Республики  Бурятия  «О  местном  самоуправлении в Республике  Бурятия»  образована  Бортойская  сомонная  администрация  центром   села  Бортой.
           

С 01 января 2006 года на основании Федерального Закона № 131 – ФЗ « Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации»,  Постановления  муниципального  образования «Закаменский район»  от  07.11.2005 г  №578 « О реорганизации  сельских,  сомонных  и  городских  администраций  МО «Закаменский район»» Бортойская сомонная администрация преобразована   в   муниципальное образование сельское   поселение  « Бортойское»